一些专业协会已经发布了体细胞变异临床解释的指南，专门针对诊断、预后和治疗的意义。尽管这些指南包含了可用于确定变异致癌性的数据类型（如人群频率、功能以及计算机数据或体细胞频率），但没有提供一套直接的、系统的、全面的标准和规则来对体细胞变异的致癌性进行分类。近期，临床基因组资源中心（Clinical Genome Resource，ClinGen）、癌症基因组联盟（Cancer Genomics Consortium，CGC）和癌症变异解释协会（Variant Interpretation for Cancer Consortium，VICC）发布了一种标准操作程序（SOP），用于对体细胞变异的致癌性进行分类，旨在提高体细胞变异分类的一致性。

文中描述了使用严格和全面的程序对癌症中体细胞序列变异的致癌性分类的标准和指南的发展。为了提高体细胞变异分类的一致性，定义了在肿瘤疾病背景下变异的致病性。致癌性或良性作用的证据分为非常强、强、中等和支持。Tavtigian等人研究的积分系统被用于合成证据对体细胞变异的致癌性进行分类。变异类型可分为以下几种：致癌（Oncogenic），可能致癌（Likely Oncogenic），意义未明（Variant of Uncertain Significance, VUS），可能良性（Likely Benign），和良性（Benign）。图1提供了证据框架的总体概述。

图1 体细胞标准操作程序（SOP）证据框架概述（未列出所有标准）

注：MAF，次要等位基因频率。

基于该标准操作程序（SOP），体细胞单核苷酸变异（SNV）和小片段插入/缺失可以归入5类中（致癌性、可能致癌性、意义未明的变异[VUS]、可能良性和良性）的1类，有助于进一步的临床解释。该SOP将变异的分类范围从具有公认致癌性的变异扩展到可使用该SOP进行分类且以前不适合临床解释的变异，提高了临床实践中体细胞变异致癌性报告的一致性和全面性。

本SOP旨在与AMP/ASCO/CAP类型的体细胞指南一起用于临床可操作性评估。图2描述了AMP/ASCO/CAP体细胞指南分层。致癌性可以与这些指南评估的临床可操作性一起报道，为决策过程提供信息。

图2 体细胞变异分类和解释的递进过程

注：AMP，分子病理学学会；ASCO，美国临床肿瘤学会；CAP，美国病理学家学院；ESCAT，欧洲医学肿瘤学会分子靶点临床可行性量表；EMSO，欧洲医学肿瘤学学会；SOP，标准操作程序。

从临床角度来看，预测该SOP的主要实际益处是用于不直接符合AMP/ASCO/CAP指南指定为I级的体细胞突变。对于没有直接列在FDA批准或实践指南中的体细胞错义变异，基于SOP的致癌性分类可能为将这些变异划分为III级（VUS）、IV级（良性）或潜在的I级或II级提供了依据。这种评估可能进一步取决于肿瘤类型、肿瘤DNA中野生型等位基因的缺失（对于TSGs）以及相关的批准和/或实践指南。

总之，文中提供了一个标准化和普遍适用的框架和操作程序，对体细胞变异的致癌性进行分类，这是临床变异解释的组成部分，协调了变异致癌性的报告，并支持临床试验内外的临床决策。