近期，在American Society of Human Genetics期刊上发表了一篇名为《Beyond the exome: What’s next in diagnostic testing for Mendelian conditions》的文章，该文章回顾了临床遗传学评估结果为阴性时的案例，并提出了当不能通过传统检测方法进行基因检测时的解决方案，为临床医生使用新兴技术进行精准基因诊断提供了指导。
患者在接受基因检测后，对于潜在的孟德尔遗传病，其诊断率受到多种因素的影响，主要原因如下：
1）许多孟德尔遗传病的遗传基础仍然未知；
2）在已知潜在基因的疾病情况下，所进行的检测可能存在无法覆盖相关基因（如单基因或多基因检测panel）、变异类型（如短串联重复）或表观遗传标志（如甲基化状态）的情况；
3）技术限制可能会导致难以在外显子组测序（ES）中识别致病性变异，尤其是在检测拷贝数变异（CNVs）方面；
4）可能没有足够的证据来解释变异的致病性；
5）诊断率一直取决于在变异鉴定时可用的表型信息的详细程度。
目前在怀疑患有遗传性疾病的个体中进行精确分子诊断的方法主要包括传统检测方法（如外显子组测序（ES）、拷贝数变异（CNVs）检测，表型已知的基因panel检测等）和新兴技术检测方法（如RNA sequencing (RNA-seq)、optical genome mapping (OGM)、long-read GS (lrGS)等），但不同类型的基因检测技术存在一定优势和局限性（表1）。
ES对不同表型和孟德尔遗传病的诊断成功率在25%到40%之间，在近亲结婚较为普遍的人群中，诊断率更高，也就是说更容易通过ES找到潜在的遗传问题。虽然总体上来看，通过ES获得的诊断率相对较高，但在进行了ES之后，仍然有超过50%的被检测个体没有被明确诊断出患有具体的疾病。对于怀疑患有遗传性疾病的个体来说，其ES检测结果为阴性，这可能与ES检测方法的局限性有关，需要注意相关事项并采取相应的后续策略（表2、图1）.
对ES数据重新分析可能也会找出导致某种疾病的变异（图1）。这是因为这些变异出现在基因覆盖范围较低的区域或出现在未测序的受影响组织中。比如一些已知的致病变异位于基因的非编码区域，例如内含子或启动子区域，这些区域在标准的ES中可能被漏检。但如果专门设计了一个基因测序panel，用来捕获包含这些变异区域的信息，那么就可以更容易地检测到这些变异。
图1 外显子组测序结果为阴性时的下一步选择
参考文献
Wojcik MH, Reuter CM, Marwaha S, et.al. Beyond the exome: What's next in diagnostic testing for Mendelian conditions. Am J Hum Genet. 2023 Aug 3;110(8):1229-1248.
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