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ClinGen PP3/BP4更新建议:错义变异计算工具校准及致病性分类
发布时间:2023-01-11 19:00:00来源:

美国医学遗传学与基因组学学会和分子病理学协会(ACMG/AMP)关于解释序列变异的建议指出,根据多个计算机预测工具结果使用支持性证据,即支持致病(PP3)或支持良性(BP4)。然而,由工具开发人员定义的评分阈值及需要多个预测结果一致的ACMG/AMP建议均缺乏定量支持。之前,ACMG/AMP建议量化证据等级(支持、中等、强、非常强)。ClinGen的专家们将这个框架扩展到软件预测,并引入了一个新的标准,即将软件预测的分数转换为PP3和BP4的证据强度。该方法基于估计局部阳性预测值,并可以校准每种变量类型的计算工具或其他连续规模性证据。专家们使用挑选过的数据集评估了13种错义突变预测工具的致病性和良性证据强度对应的阈值。根据新阈值结果,发现大多数工具达到了致病性和良性分类的支持水平,多个工具达到了中等水平,有几个工具达到了强水平,有一个工具达到了非常强水平。基于这些发现,专家们提出了根据单个预测工具结果对ACMG/AMP标准的PP3和BP4进行循证修订的建议,以及对临床解释计算方法的未来评估。


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